日本脳炎ウイルスの感染でおこります。ヒトからヒトには感染しません。ブタやイノシシなど，増幅動物の中で増えたウイルスが蚊によって媒介されます。7～10日の潜伏期間の後，高熱，頭痛，嘔吐，意識障害，けいれんなどの症状を認めます。
流行は東南アジアが中心になりますが，ウイルスは西日本を中心に全国に存在し，主に春から秋にかけて活動しています。以前は，小児と高齢者を中心に発生していましたが，予防接種の普及などで小児の患者数は減少し，最近では高齢者を中心に毎年10人前後の患者が発生しています。
感染者のうち100～1,000人に１人が脳炎や髄膜炎を発症します。夏かぜ様の症状で終わる人や，症状が出ない人もいます。脳炎にかかった時の致命率は約20～40％ですが，神経の後遺症を残す人が多くいます。
対象者:生後6か月～7歳6か月未満（標準的な接種期間はは3歳～4歳）
接種間隔・回数:3回。6日以上，標準的には２８日までの間隔をあけて初回接種を２回。２回目接種後，６か月以上，標準的にはおおむね１年の間隔をあけて追加接種を１回。